単位落とした科目の点数って基本平均点に入るんですか？？例えば、基礎化学を30点で落としたとして、進振りの単位要件はちゃんと満たせている場合は、この30点を使われずに平均点が計算されるんですか？？

基本的なルールとしては入ります。質問文にある「進振りの単位要件」とは、『履修の手引き』p.8記載の「進学選択が可能となる条件」のことを指しているのだと思いますが、これはあくまで進振りに参加できる条件であり、p.8の表の科目のみが進振りに用いられるというわけではありません。進振り点（基本平均点）の計算の対象となる科目と単位数は『履修の手引き』p.55をご覧ください。p.56には、不可の科目はその点数が、未履修の科目は0点が進振り点として採用される旨が記載されています。落単したものに関しては、再履修で成績を塗り替えることで落単をなかったことにできますが、放置プレイでは基本的にその成績が進振りに使われることになります。