「基礎科目・展開科目・総合科目・主題科目の最低単位数の他に取得しなければいけない単位」について、総合科目や主題科目は社会科学・人文科学とは違い上限なしでこれに含めることができるということですか？

そうだと思います！履修の手引きp.28によれば、文科生は4単位取得しなければならないので、例えば総合科目4単位でそれを埋めることも可能だということです！ただし、総合科目D系列のスポ身に限っては、上限が設けられています。