文系のその他4単位について、もし主題科目と普通の総合科目がいくつかあったとしたらどれが優先されますか？主題が優先されて点数に響かなくなるのかそれとも余計他の総合を取ってしまったせいで(取らなかったら主題ともう1つでうめられた等)足が引っ張られるということはありますか？

主題科目は「合格・不合格」で判定されます。そもそも点数が出るものではありません。（R2履修の手引き p.27参照）従って，主題科目と総合科目が点数で競合するということも無論ありません。また，進振りの基本平均点の点数計算にも主題科目の成績は加味されません（同 p.55参照）