総合科目の所謂撤退とは、特に手続きは無くてただ単に不可にすれば良いということですよね？不可にした上で同系列で高得点取れば問題ないという認識で良いですか？

追い出しをするのであれば、手続きなく意図的に不可・欠席にして、別の科目をとっていればokです！再履修なら全く同一の科目を履修する必要があります。