2年生です。専門科目の単位は前期教養の単位としてカウントされますか？それとも後期課程の単位としてカウントされますか？（キャップ制との兼ね合いで気になります。）

後期課程の単位です。 次に、一応、キャップ制について見ていきます。『履修の手引き』のp.10を一緒に見ていきましょう。まず、前期教養のキャップ制は2Sまで、ということを確認しましょう。これは、「２Ａセメスターについては、後期課程の各学部が開講する専門科目（p. 46）を主に履修することとなるため」です。 2Sセメスターで履修できる持ち出しの専門科目は、法学部、教育学部、文学部ですが(p.46)、これら専門科目の単位は、「（例外）履修登録単位数の上限に含まれない科目」の中に、「後期課程の各学部が開講する専門科目（p. 46）」とあります。(p.10)したがって、専門科目はキャップ制には基本的に関係ありません。 ただし、法学部に関しては、「履修登録単位数の上限（34単位）を設ける。」(p.46)とあります（＝法学部独自のキャップ制がある）ので、注意してください。