理科2類の1年生です。履修の手引によると英語中級(or上級)は必ず3単位取らなくてはいけないようですが、だとすると総合科目のL系列で必要な3単位はすべて英語中級で埋まるということでしょうか？初修外国語の演習や第3外国語などを履修した場合、その成績はどの枠の点数として進振りに関わってきますか？

おっしゃる通り、必要な3単位は英語中級で埋まります。(『履修の手引き』9ページ)英語中級の他にL系列の科目を履修した場合、それらは「重率0.1」として、重み付けを1/10にした状態で基本平均点に算入されます。(『履修の手引き』55ページ)これがいわゆる「追い出し」です。