例えば1aセメスターの途中まで普通に授業受けてて、途中から休学した場合は、完全にその1aの成績はなかったことになり、来年2度目の1aを迎えるというにんしきでよろしいですか？

既に履修したものについては「欠席」になると思いますが、これについて明記された資料が見当たらなかったので是非教務課で聞いてください。1Aの途中で休学した場合には自動的に留年になる（『履修の手引き44ページ』）ので、復学後。もう一度1年生をやることになります。休学期間は1年間と限ったものではないので、1Sから復帰することもできると思います。（詳しくは、東京大学学部通則19～22条、https://www.c.u-tokyo.ac.jp/zenki/register/index.html、『履修の手引き』をご覧の上、教務課（3番窓口）にご相談ください。）