駒場と本郷ってサークルとかの接続はあんまりない感じですか？

少ないです。2年生執行代のサークル・学生団体が多いのはそれが理由ですね。あくまで一個人のイメージですが、1，2年生は駒場で語学沢山受けつつサークル等で大学生していて、3，4年生は本郷弥生浅野にて研究や就活に勤しむ、という先入観があります。