S2の集中講義（体験型など）に登録しようとしたのですが、シラバスでは表示されるのに履修登録の画面には表示されません。これはどういうことですか？

おそらくS1のみの表示になっているからです。履修科目一覧の画面上部にある、年度とタームを指定する部分をS2に変えてみてください。