理科一類の2年です去年総合科目のEF系列からEから2単位、Fから6単位をとってE系列のものが一番成績が悪かったのですが、成績表ではEを1単位含めて計算されていました。これは、EF系列両方から単位を取らないといけないためという認識で良いのでしょうか？

残念ながらその認識になります...「E系列・F系列の中から2系列以上にわたり6単位」＝E系列・F系列双方から1単位以上で合計6単位、ということですね。　まだ追い出しはできますので、頑張ってください!!