学部・学科別の指定重率は追い出された科目についても適用されますか？つまり、他の学部では重率0.1なのに特定の学部でのみ重率が1.5になる、なんてことは起こり得るのでしょうか？

ある科目について、学部や学科ごとで異なる指定重率が適用されるという可能性はあります。　ただし指定重率については、大抵の場合「成績上位◯単位につき」などといった条件がありますので、追い出された科目は基本的に適用対象外ということになります。（※ご質問者さんの科類によっては事情が異なります。）詳しくは以下をはじめとする、基本平均点についての記事をご覧ください！https://note.com/ut_base/n/n664af7858a4f