UTAS にお気に入り登録した授業がみんなITC LMS の時間割に反映されているようなのですが、放っておいても大丈夫でしょうか…?　大丈夫だとは思いますが今後の履修登録に影響がないか少し心配です。

全く問題ありません！今は仮登録の状態です。先生の設定によって、その反映がなくなる場合と、残り続ける場合がありますが、いずれも履修自体には関係ありません。