理科一類生です一年の間にひとつも総合科目を取らなかった場合は留年することになりますか？

進振り要件としては，総合科目を2Sに15単位取得（英語中級も含め）すればいいので，確実に留年というわけではありません。ですが，2Sには他の必修も残っていますし，1年で総合科目がないと進振り要件のうち「53単位以上の取得」という要件を満たせなくなる可能性が高いので，現実的ではないと思います。