要望科目は2年になってから取り始めても大丈夫ですか？また、取らないとついていけなくなりますか？

ダメではないと思いますが、計画的に履修しておくと楽だと思います。特に2Aは後期課程の授業が始まってしまうので、ちょっと大変です。要望科目は、進学後に必要になるかもしれない科目が指定されてたりするので、とれるのなら取っておいた方がよいでしょう。進学後にその科目に触れないよう回避出来たり、結局自習したりということがあります。