1Aの電磁気が不可だったため、2Aで他クラス聴講しなければならないのですが、進学先によっては、必修と被ったりして事実上留年は避けられないことになり得ますか。

はい、あり得ます。2S再履修だと、うまく時限をずらしてくれることが多いんですが、2Aは前期教養と学部で連携は取れていないことも多いでしょう。