第1段階、第2段階、第一志望から愚直に並べるより、第一志望が怪しければ第2志望を優先した方がよかったりしますか。第2段階までいくと結構結果が出るのが遅くなりますが、それで損する事ありますか？

結果が出るのが遅くなることで損をすることはほぼほぼないと思います。第1志望と第2志望のどちらを優先させるかは、その時になってご自身で決断してください。その時の判断材料として、第一段階での志望者数と自分の順位が発表されるので、参考にしてください。その後第一志望の変更が可能です。