対面授業の場合、やたらと延長する授業のすぐ後ろに出席を重視する授業が万が一あった場合どうなるんでしょうかどちらかの単位を諦めるんでしょうか

やたら延長するといっても長くて10分とかだとは思うので、そんなに心配しなくて大丈夫ですよ。後コマに遅れそうになったら途中退出すればいいだけです。聞けなかった部分は友達に託すなどしましょう。