初歩的な質問で申し訳ないのですが、総合科目は科目名が同じならば担当教員や内容が異なっても再履扱いで点数の上書きが可能なのでしょうか？

総合科目に限らず、同じ科目かの判断は、おっしゃる通り科目名の同一性で判断されます。（担当教員が誰かは関係ない。）50点以上をとってしまう（＝単位を取ってしまう）と再履修で成績を上書きすることはできなくなるので気を付けてください。