総合科目の撤退を考えています。Aセメで同名の科目を再履修し単位を取得できた場合、Sセメで落とした単位は基本平均点を計算する上での分母や分子に係わってくるのでしょうか、それともその式から完全に消え失せるのでしょうか。既出でしたらすいません。

完全に消え失せます（正確には、新しい成績で上書きされる結果、元の成績はなかったことになります。）https://twitter.com/UtBase/status/1270884563477082113詳しくは #クイズ進振りケース の第6回で解説されています！上のリンクよりご覧になってください。