総合科目は単位取得しないと(落単すると)基本平均点には含まれないと思っていたのですが、そうではなくて履修登録した時点で基本平均点の算出に含まれるのは確定するのですか？

総合科目は履修登録した時点で基本平均点に算入されてしまいます。（単位取得の有無に限らない。）一方、基礎科目の落単は算入されない場合があります。『履修の手引き』p.55をご覧ください。