「英語の履修について」によると私のクラスは総合科目L系列がS1 とAの時期に割り振られている（履修の手引きP.13の表だとグループ4）のですが、この場合Sセメスターの英語中級は時期が「S1」となっているものの中から受けたいものを選ぶべきであり、「S」と書いてあるものは選べない、という認識でいいですか？わかりにくい文ですいません。

その通りです！質問者さまのグループですと、Sセメスターでは「S1」、Aセメスターでは「A」から抽選に応募することになります。また、質問者さまの所属するクラスによって選択肢が決まっている「クラス指定」の抽選を応募する、という選択と、「全クラス指定型」に履修登録する、という選択があります。圧倒的に多数なのは、前者ですが、後者にも穴場はありますので、ぜひチェックしてみてください♪